Sejarah Fakultas Peternakan berawal dari berdirinya Fakultas Pertanian Peternakan dan Kehutanan (FPPK) berdasarkan keputusan Menteri PTIP No.77/PTIP/1964 tanggal 17 Juli 1964.  Selanjutnya dengan Keputusan Presiden No. 74 tahun 1982 tertanggal 7 September 1982 nama Fakultas Pertanian Peternakan dan Kehutanan (FPPK) Universitas Cenderawasih dirubah menjadi Fakultas Pertanian (FAPERTA) Universitas Cenderawasih (UNCEN) yang terdiri atas 4 program studi (Prodi) yaitu Prodi. Agronomi, Prodi. Sosial Ekonomi Pertanian, Prodi. Produksi Ternak, dan Prodi. Budidaya Hutan.

Pada tahun 2000, Senat Universitas Cenderawasih mengeluarkan Surat Keputusan No. 1085/J20/K/2000 tanggal 29 April 2000 tentang persetujuan dan dukungan pengembangan FAPERTA UNCEN Manokwari menjadi universitas mandiri yaitu Universitas Papua. Hal ini diputuskan mengingat perkembangan nasional, kebutuhan pembangunan daerah, serta rencana pemekaran wilayah menjadi beberapa tingkat I. Usulan senat UNCEN juga mendapat dukungan dari Gubernur Provinsi Irian Jaya pada waktu itu berdasar surat No. 42.4/2305/SET, tanggal 15 Juli 2000. Atas usulan tersebut maka Presiden Republik Indonesia mengesahkan pendirian Universitas Negeri Papua (UNIPA) pada tanggal 3 November 2000 dengan mengeluarkan Surat Keputusan Presiden RI Nomor 153 tahun 2000. Peresmian Universitas Negeri Papua dilakukan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi atas nama Menteri Pendidikan Nasional pada tanggal 28 Juli 2001.

Universitas Negeri Papua berkembang dengan pesat sehingga yang awal mula hanya 1 fakultas berkembang menjadi 6 fakultas yaitu Fakultas Pertanian dan Teknologi Pertanian, Fakultas Peternakan Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPPK), Fakultas Kehutanan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Fakultas Ekonomi, dan Fakultas Sastra. Perkembangan UNIPA menjadi 6 Fakultas diperkuat dengan dikeluarkannya keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 111/O/2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja UNIPA pada tanggal 15 Mei 2002. Fakultas Peternakan Perikanan dan Ilmu Kelautan dan 5 fakultas yang lain secara resmi disahkan tanggal 27 November 2002 sekaligus dengan pelantikan Dekan dan para Pembantu Dekan. Berdasarkan Peraturan Presiden No. 155, tanggal 17 Oktober 2014 nama Universitas Negeri Papua diubah menjadi Universitas Papua. Nama Universitas Papua mulai berlaku sejak tanggal 1 Februari 2015 dan tetap disingkat UNIPA.

Seiring dengan percepatan pembangunan di Provinsi Papua dan Papua Barat dan sesuai dengan instruksi Presiden No. 5 tahun 2007, pimpinan FPPK merasa perlu untuk mengembangkan FPPK menjadi 2 Fakultas yaitu Fakultas Peternakan dan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan.  Pembentukan Fakultas Peternakan disetujui dengan dikeluarkannya Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi RI No. 3 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja (OTK) UNIPA tanggal 3 Februari 2015, diikuti dengan pelantikan Dekan Fakultas Peternakan oleh Rektor UNIPA pada tanggal 20 Agustus 2015. Selanjutnya OTK Fakultas Peternakan ditetapkan berdasarkan Keputusan Dekan Fakultas Peternakan Universitas Papua No. SP-008/UN42.1.2/OT/2016 pada tanggal 10 Maret 2016.